Package R Markdown: un outil pour générer des pages HTML avec R Studio

Réunion Groupe de travail : Ingénieurs statisticiens Toulousains
Date : 11/07/2013

Introduction

Markdown permet une mise en forme simplifiée de pages web réalisées avec R. Pour avoir de l'aide, cliquer sur MD, dans la barre d'outils se trouvant en haut à gauche de la fenêtre “script”.

Pour générer la page web, il faut cliquer sur Knit HTML. Sur une page R Markdown, on peut mettre:

• du code R
• le résultat de l'exécution
• des graphiques
• des images
• des formules
• …

Démonstration

Affichage du code + résultats des exécutions

data(iris)
dim(iris)

## [1] 150   5

Affichage du résultat de l'exécution uniquement

##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
## 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
## 3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
## 4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
## 5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
## 6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

Affichage d'un graphique produit avec la librairie ggplots2

# Chargement de la librairie
library("ggplot2")
# Nuage de points avec une couleur par espèce
qplot(iris[, 3], iris[, 4], colour = iris[, "Species"], xlab = "Longueur des pétales", 
    ylab = "Largeur des pétales")

Créer un tableau

Mon premier tableau:

Insérer une équation

L'insertion des équations utilise la notation du langage Latex. Deux façons de faire:

• Méthode 1: Lorsque la formule tient sur une ligne, on entoure la formule avec un $ comme ci-dessous:
  \( y_i = \alpha + \beta x_i + e_i \)

• Méthode 2: Lorsque la formule est complexe et/ou tient sur plusieurs lignes, on entoure la formule avec deux $ comme ci-dessous (attention cette formule est centrée par défaut):
  \[ y_i = \alpha + \beta x_i + e_i \]

Pour plus d'informations

Insertion d'une image

Insérer un lien HTML

Pour plus d'informations sur le package Markdown utilisé avec R Studio

Insertion d'une citation

“Rien ne sert de courir, il faut partir à point.” Jean De La Fontaine

Vers une mise en page personnalisée

On peut modifier la mise en page (couleurs, bordures des tableaux, texte souligné …). Pour cela, il suffit de copier la feuille de style CSS nommee “markdown.css” qui se trouve dans le répertoire du package “Markdown” (endroit ou tous les packages sont stockés), la renommer et la placer à l'endroit où on a stocké notre fichier .Rmd . Ensuite, on place en haut de notre fichier .Rmd la ligne suivante entourée de “<” et “>”:
link href=“my_custom.css” rel=“stylesheet”

Conclusion

Le package R Markdown combiné à R Studio, est facile d'utilisation. La modification de la feuille de style CSS permet de créer une mise en page personnalisée.

Attention, ne pas passer d'un programme écrit sous Linux à Windows et inversement, sous peine d'avoir des problèmes d encodage si on a mis des accents…

Pour aller plus loin

D'autres fonctionnalités qui n'ont pas été montrées lors de cette séance:

Réaliser des graphiques interactifs avec GoogleVis et les afficher sur la page web

On peut faire des pages web avec des graphiques dynamiques grâce au package GoogleVis

Convertir la page web en format pdf à l'aide de Pandoc

Sous Linux, une fois la page web créée, un fichier portant le même nom que le fichier portant l'extension .Rmd est créé: c'est le fichier .md qui permet de compiler le code R pour que la page .html puisse être créée.
On ouvre une Console puis on se place à l'endroit ou se trouve notre fichier .md et on tape:
pandoc -s Demo_R_Markdown_21052013.md -o Demo_R_Markdown_21052013.pdf
Attention, la mise en page est altérée (tableaux déformés, couleurs non originales …).