Ce document a été généré directement depuis RStudio en utilisant l’outil Markdown. La version .pdf se trouve ici.

Dans ce document, nous avons répertorié par catégorie, un certain nombre de commandes/fonctions de base, dont un grand nombre a déjà été présenté dans la première partie du cours.

Objectif de l’exercice : chaque participant va choisir un paragraphe et pour chacune des commandes/fonctions de base incluses dans un paragraphe, expliquer leur but et les illustrer par quelques exemples. Vous pourrez bien entendu vous inspirer de l’aide en ligne, mais l’intérêt de l’exercice est de trouver des exemples originaux. Si des commandes/fonctions de base n’ont pas encore été vues en cours, l’aide en ligne devrait vous fournir toute l’information dont vous avez besoin pour comprendre ces fonctions.

Dans quel format rendre l’exercice : ici, nous vous recommandons d’utiliser l’outil R Markdown qui est accessible depuis RStudio. Vous pourrez ainsi créer facilement un fichier au format .html, lisible depuis n’importe quel explorateur internet. Vous trouverez dans ce document les informations pour utiliser R Markdown : http://www.thibault.laurent.free.fr/presentation%20inge_stat/presentation%2008-07-13/Presentation%20R%20Markdown%20SL%2011072013.pdf

Pour customiser un document Markdown, on recommande la lecture de cette page https://holtzy.github.io/Pimp-my-rmd/

Ou rendre l’exercice ? vous pourrez déposer le fichier .html dans une nouvelle conversation du “Forum R (chapitres 1 et 2)”. Vous créerez à chaque fois un nouveau post intitulé “Exercice - paragraphe 1.X” comme je le ferai moi-même par un exemple.

Quel paragraphe choisir ? vous choisissez le paragraphe que vous souhaitez excepté le paragraphe 1.1. Ce n’est pas grave si certains d’entre vous choisissent le même paragraphe, du moment que vous changez vos exemples, ainsi que vos commentaires. Je pousse cependant les personnes qui ne sont pas complètement débutantes, à choisir les paragraphes qui contiennent le plus de fonctions qui n’ont pas déjà été vues.

Faut-il décrire en profondeur chaque fonction ? Non. Certaines fonctions contiennent énormément de paramètres d’entrée et il est impossible de les décrire tous. L’idée est de donner quelques lignes de description par fonction et deux/trois exemples d’utilisation simples.

Notation : cet exercice ne sera pas noté, mais il est fortement conseillé de le faire et de participer à ce travail collectif. A moins que je ne vois des explications qui soient vraiment fausses, je ne prendrais pas nécessairement la peine de vous donner un feedback individuel. En revanche, je vous incite à regarder ce qu’auront fait les autres participants afin que cela vous aide à assimiler du vocabulaire en R. N’hésitez pas non plus à réagir aux posts des uns et des autres.

Date limite de remise : il n’y a pas de limite pour rendre cet exercice.

1 Un peu de vocabulaire en R

1.1 Les premières fonctions à apprendre

Remarque : j’utiliserai ce paragraphe comme exemple. De votre côté, vous ne pourrez pas le choisir…

?
str

1.2 Les opérateurs importants d’affectation et sélection

%in%, match
=, <-
$, [, [[, head, tail, subset

1.3 Les opérateurs importants de comparaison

all.equal, identical
!=, ==, >, >=, <, <=
is.na
is.finite

1.4 Les fonctions mathématiques

*, +, -, /, ^, %%, %/%
abs, sign
acos, asin, atan, atan2
sin, cos, tan
ceiling, floor, round, trunc, signif
exp, log, log10, log2, sqrt
max, min, prod, sum
cummax, cummin, cumprod, cumsum, diff
pmax, pmin
range
mean, median, cor, sd, var
rle

1.5 Les tests sur les booléens et les ensembles

&, |, !, xor
all, any
intersect, union, setdiff, setequal
which

1.6 Manipulation de matrix

c, matrix

length, dim, ncol, nrow
cbind, rbind
names, colnames, rownames
t
diag
as.matrix

1.7 Manipulation sur les vecteurs

c
rep, rep_len
seq, seq_len, seq_along
rev
sample
choose, factorial, combn
(is/as).(character/numeric/logical/...)

1.8 Manipulation sur les list/data.frame

list, unlist
data.frame, as.data.frame
split

lapply, sapply, vapply
apply
tapply
replicate

1.9 Manipulation sur les factor

factor, levels, nlevels
reorder, relevel
cut, findInterval
interaction
options(stringsAsFactors = FALSE)

1.10 Manipulation de chaînes de caractères

grep, agrep
gsub
strsplit
chartr
nchar
tolower, toupper
substr
paste
library(stringr)

1.11 Statistiques

duplicated, unique
merge
order, rank, quantile
sort
table, ftable

1.12 Calcul algébrique

crossprod, tcrossprod
eigen, qr, svd
%*%, %o%, outer
rcond
solve

1.13 Interroger le répertoire de travail

ls, exists, rm
getwd, setwd
q
source
install.packages, library, require

1.14 Lecture/écriture de données

data
count.fields
read.csv, write.csv
read.delim, write.delim
read.fwf
readLines, writeLines
load, save
library(foreign)